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海量测序数据中寻找隐藏的调控microRNA——访湖州师范学院生命科学学院邵朝纲教授

 

    基因表达调控机制是生命的核心语法,负责从基因组这部新华字典中挑选合适的单词,按照一定的时空规则进行组合,构成了细胞分化、组织器官发育、生老病死等一篇篇绚丽的生命篇章。经过科学家长期的研究,目前已初步揭示了生命体中复杂的基因表达调控网络,极大的加深了人类对生命过程底层机制的了解。
    作为重要的基因表达调控因子,MicroRNA广泛参与了真核生物发育、生理到应激反应几乎所有的生物学过程,并且在人类癌症、心血管疾病、神经退行性疾病,代谢紊乱疾病等重大疾病的发展过程中也发挥了重要的作用,可以作为相关疾病诊断的分子标记或治疗靶点。近年来,新的microRNA不断被发现,但并未穷尽,特别是低表达的microRNA,常规方法很难发现,因此,寻找合适的挖掘算法至关重要。
    近日,记者随浙江省自然科学基金办公室的工作人员走访了湖州师范学院,并有幸采访到了生命科学学院的邵朝纲教授,其关于基于前体加工切割信号的miRNA大规模挖掘新算法的研究2015年申报获得省自然科学基金,目前已取得了较好的成果。
    在采访中,邵老师首先向记者介绍了课题研究的背景,并分享了新算法发现的过程。microRNA出生的时候,就象一个新生儿,需要一种称为Dicer核酸酶将其从母体上精确的切割出来,这一分娩过程可以被一种特殊的测序技术(降解组)探测到。能否象扫雷一样,利用该技术对microRNA产生的热点区域进行大规模的扫描,寻找新的microRNA?邵老师和其团队成员进行了探索,成功的建立了一种全新的microRNA挖掘算法,并开发了免费共享挖掘软件miRNA Digger(http://www.bioinfolab.cn/miRNA_Digger/index.html)。目前,相关成果已被Scientific Reports接受发表(Scientific Reports2016 6, 18901)。
    利用该挖掘新算法,邵老师团队在水稻、拟南芥、土豆中已找到了新的几十种未被发现过的miRNA而他下一步的思考,则是想用这种新的算法去寻找人类疾病相关的miRNA新基因,为疾病的防治提供新的检测标志物和治疗靶标。
    提起省自然科学基金的帮助,邵朝纲教授表示非常的感谢,他提到大学教师,不仅仅局限于传播知识,也需要创造知识。在创造知识的研究过程中不免遇到一些现实的难题,省基金的支持是我们科研顺利走下去的重大动力。目前,该研究项目计划将于今年年底结题。

(转载自《科技金融时报》我与科学基金专栏,记者 代梓熙;通讯员 陈登 闻正顺)

发布时间:2017-08-24 阅读数:3648

 

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